注册对象不同。全日制高校招生对象为高考生。自修招生对象均为中国公民，不受性别、年龄、民族、种族、宗教信仰、财产状况和文化程度的限制。报名时间不同，全日制学院一年只能报名一次，自学考试学院一年可以报名两次。
不同的系统
全日制大学是一个全天候的教学体系。包括普通高校、民办高校（具有统一招生资格）、军队院校、艺术院校、成人教育。入学后大约两个月，学生可以在高等教育网上找到自己的学籍。如果找不到自己的学籍，就不是普通大学的全日制学生。
自学考试是我国高等教育的基本制度之一。它是现阶段高等教育的重要组成部分。它是以学业考试为主的国家高等教育考试制度；它是自学、社会救助和国考的结合体。
不同形式的学习
全日制专科需要采取全日制学习形式，一般为三年，而自学本科的学习时间相对自由，只需要自学然后定期参加考试。
证书封面上的字不一样
全日制大学毕业证书的外壳是“某学校的毕业证书”。
而自学的大学毕业证书上写着“高等教育自学考试”。
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